2007•Acta Scientiarum Naturalium Universitatis SunyatseniRequires access

Nematode Diversity of Qingdao Coast Inferred from the 18S Ribosomal RNA Gene Sequence Analysis

Shen, Xiquan, Yang, Guanpin, Liu, Yongjian

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Abstract

18S ribosomal DNA 基因(18S rDNA ) 序列(近似在长度的 1300bp ) 从从与线虫大批从 Qingdao 海岸的内部潮汐的沉积收集的免费生活的海洋的线虫提取的 DNA 被放大特定的教材。PCR 产品被克隆,重新放大,与 Rsa 消化了我和 Hin6 我限制 endonucleases 和分开的 inagarose 胶化。在 17 种限制碎片长度类型之中,打 1, 2 和 6 盖住 61.2% ,分别地,当时,克隆的 14.4%and9.3% 分析了留下 14 仅仅盖住 21 克隆,它说明了 15.1% 总数。24 代表性的克隆 andphylogenetically 被定序由指在 RDP 和 GenBank 数据库当前可得到的那些分析了。尽管它是难的由于已知的海洋的免费生活的线虫的 18SrDNA 顺序数据的缺乏把这些序列分到已知的种类或类,获得的序列被分到 Adenophorea 的线虫。在他们之中, 12 个序列接近了 Pontonema vulgare andAdoncholaimus sp,四到 Daptonema procerus 并且二(相同) 到 Enoplus brevis。我们的结果证明免费生活的海洋的线虫差异能被检索的 PCR 决定, 18S rDNA 的分析定序,仅当免费生活的海洋的线虫的 18S rDNA 序列被积累到某程度,一个 18S rDNA 序列能被分到种或一个类。

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18S ribosomal DNA 基因(18S rDNA ) 序列(近似在长度的 1300bp ) 从从与线虫大批从 Qingdao 海岸的内部潮汐的沉积收集的免费生活的海洋的线虫提取的 DNA 被放大特定的教材。PCR 产品被克隆,重新放大,与 Rsa 消化了我和 Hin6 我限制 endonucleases 和分开的 inagarose 胶化。在 17 种限制碎片长度类型之中,打 1, 2 和 6 盖住 61.2% ,分别地,当时,克隆的 14.4%and9.3% 分析了留下 14 仅仅盖住 21 克隆,它说明了 15.1% 总数。24 代表性的克隆 andphylogenetically 被定序由指在 RDP 和 GenBank 数据库当前可得到的那些分析了。尽管它是难的由于已知的海洋的免费生活的线虫的 18SrDNA 顺序数据的缺乏把这些序列分到已知的种类或类,获得的序列被分到 Adenophorea 的线虫。在他们之中, 12 个序列接近了 Pontonema vulgare andAdoncholaimus sp,四到 Daptonema procerus 并且二(相同) 到 Enoplus brevis。我们的结果证明免费生活的海洋的线虫差异能被检索的 PCR 决定, 18S rDNA 的分析定序,仅当免费生活的海洋的线虫的 18S rDNA 序列被积累到某程度,一个 18S rDNA 序列能被分到种或一个类。

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Method / approach

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Main findings

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Limitations

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Applications

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Available abstract

18S ribosomal DNA 基因(18S rDNA ) 序列(近似在长度的 1300bp ) 从从与线虫大批从 Qingdao 海岸的内部潮汐的沉积收集的免费生活的海洋的线虫提取的 DNA 被放大特定的教材。PCR 产品被克隆,重新放大,与 Rsa 消化了我和 Hin6 我限制 endonucleases 和分开的 inagarose 胶化。在 17 种限制碎片长度类型之中,打 1, 2 和 6 盖住 61.2% ,分别地,当时,克隆的 14.4%and9.3% 分析了留下 14 仅仅盖住 21 克隆,它说明了 15.1% 总数。24 代表性的克隆 andphylogenetically 被定序由指在 RDP 和 GenBank 数据库当前可得到的那些分析了。尽管它是难的由于已知的海洋的免费生活的线虫的 18SrDNA 顺序数据的缺乏把这些序列分到已知的种类或类,获得的序列被分到 Adenophorea 的线虫。在他们之中, 12 个序列接近了 Pontonema vulgare andAdoncholaimus sp,四到 Daptonema procerus 并且二(相同) 到 Enoplus brevis。我们的结果证明免费生活的海洋的线虫差异能被检索的 PCR 决定, 18S rDNA 的分析定序,仅当免费生活的海洋的线虫的 18S rDNA 序列被积累到某程度,一个 18S rDNA 序列能被分到种或一个类。

Key concepts: 18S ribosomal RNA, Ribosomal DNA, GenBank, Biology, Ribosomal RNA, Gene, Genetics, Molecular biology

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