Genome-wide levels of variation in space and time in Scandinavian subpopulations of the arctic fox (Vulpes lagopus)

Bruk av genom-skalert data åpner opp for nye muligheter angående genomiske spørsmål om bevaring. For eksempel har konserverings genetikk og genomikk vist seg å være viktig innen bevaring og overvåkning av truede arter. Den Skandinaviske fjellreven (Vulpes lagopus) er intet unntak. Populasjonen opplevde en rask nedgang i populasjonsstørrelsen på begynnelsen av 1900-tallet. Dessverre klarte ikke populasjonen å komme seg, som følge av lav mattilgjengelighet (dvs. ustabile gnagersykluser) og interspesifikk konkurranse og predasjon fra rødreven (Vulpes vulpes). I tillegg vil en liten populasjonsstørrelse og en fragmentert struktur hos den Skandinaviske fjellreven i seg selv bidra til at subpopulasjoner finner seg i en høy risiko for å oppleve genetisk drift og innavlsdepresjon. Det har derfor i løpet av de siste tiårene blitt iverksatt flere bevaring og forvaltningstiltak i Sverige og Norge. Formålet med iverksettingen var først og fremst å forbedre forholdene og øke antallet fjellrev i Skandinavia, dernest å gjenopprette subpopulasjoner hvor fjellreven var utryddet og støtte eksisterende subpopulasjoner. \nFormålet i dette studiet er å sammenligne genotype data med høy tetthet for individer i 6 fjellrev subpopulasjoner i Skandinavia, for å undersøke den genetiske variasjonen innen og mellom subpopulasjonen, over hele og regionalt i fjellrev genomet. En Affymetrix Axiom 702K SNP-array tilpasset fjellrev og rødrev ble brukt til å genotype individene. \nStudiets resultater antyder at den genetiske variasjonen (dvs. heterozygositet) innen hver subpopulasjon har for det meste økt over studiets omfang. Tilsvarende har det vært en endring i den genetiske sammensetningen for de fleste subpopulasjonene gjennom studieperioden, som vist av observerte nivåer av genetisk differensiering på tvers av hele og/eller deler av genomet mellom sampling perioder for subpopulasjonene. Resultatene indikerer også at den genetiske differensieringen mellom subpopulasjoner (over eller innen genomet) har generelt avtatt gjennom studieperioden. Videre studier med lengre tidsperioder, kan ved å bruke liknende tilnærminger som dette studiet, avdekke hvordan genetisk drift, migrasjon (gen flyt) og seleksjon samhandler i å forme variasjon innen regioner og på tvers av hele genomet, og dermed kunne trekke konklusjoner om genetiske konsekvenser av pågående bevaringsaksjoner. Dette studiet viser at genotype data (genom-bredt) med stor tetthet, i kombinasjon med et fjellrev-referanse-genom, åpner opp for nye muligheter innen konserverings genomikk og relaterte spørsmål for den Skandinaviske fjellreven.