2020•《分子植物育种》印刷版Requires access
油橄榄(Olea europaea L.)核心 SNP 位点筛选与评价
朱申龙, Sup 朱申龙, 牛二利, Sup 牛二利, Wei Wang, Sup 王伟, 施爱农, Sup 施爱农
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Abstract
本研究基于前期对 57 份油橄榄种质资源的全基因组 GBS-SNP 分型结果开展核心 SNP 位点的筛选。统计分析 73 482 个 GPS-SNP 位点发现，有 68 030 个 (92.58%) SNP 位点的检出率达到 100% ， 33 979 个 (46.2%) 位点的最小等位基因频率 ≥ 0.2 ， 29 647 个 (40.35%) 位点的杂合率为 0 ，其中同时符合上述 3 个条件 ( 检出率 = 100%, 最小等位基因频率 ≥ 0.2, 杂合率 = 0) 的位点有 14 125 个 (19.2%) ，其位置覆盖全基因组，既分布于基因区也位于基因间区，与 73 482 个 SNP 位点的分布高度一致 (R = 0.997) ，多态信息量平均为 0.43(0.33~0.67) 。进一步以 14 125 个 SNP 位点信息为依据，计算 57 个油橄榄品种间的遗传距离，并与基于全部位点 (73 482 个 SNPs) 信息获得的对应品种间的遗传距离作比较，结果显示两者呈极显著的相关性 (R = 0.9) ，表明这些 SNP 位点具有多态性好、代表性广、可靠性高的特点，可作为油橄榄的核心 SNP 位点，适用于油橄榄品种鉴定、种质评价、基因定位和分子辅助育种。本研究对核心 SNP 位点在油橄榄品种鉴定中的具体应用进行了探讨，并指出至少需要 11 个核心 SNP 位点组合才能实现对 57 个油橄榄品种的完全区分。