The glucose-utilizing bacterial diversity in the cold spring sediment of Shawan, Xinjiang, based on stable isotope probing

新疆沙湾冷泉低盐且不含硫化物,为了解其沉积物细菌群落的碳源利用,以13C稳定同位素标记的葡萄糖作为底物培养沉积物中的细菌,通过提取和分离带有13C标记的总DNA,结合16S rDNA-PCR 克隆文库法以及限制性片段长度多态性方法,对冷泉沉积物中葡萄糖利用细菌群落多样性进行分析。随机挑取417个阳性克隆,HaeIII酶切分型,共获得27个OTUs。经测序、序列同源性对比和系统发育学分析,归为细菌域中的9个门,即厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、放线菌门(Actinobacteria)、变形杆菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria),其中,厚壁菌门和变形杆菌门为优势类群,分别占克隆文库的28.3%和38.6%。与前期研究比较,以葡萄糖为碳源的细菌OTUs仅占总菌群的31%, 表明该环境中可能存在其它碳源利用方式的细菌群落。