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16S rRNA & 18S rRNA fluorescent in situ hybridisation techniques in Vestimentiferan (Siboglinidae) tubeworms

Mario P. Schimak

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Abstract

Die Identifizierung von Wirbellosen wird in der Regel durch die Ermittlung morphologischer Merkmale unter einem Mikroskop durchgefuhrt. Dies ist jedoch nicht immer moglich da fruhe Lebensformen wie Embryonen, Larven oder Jungtiere entweder morphologisch ident sind oder ein hohes Mas an Konservierung zwischen nahe verwandten Arten im fruhen Entwicklungsstadium aufweisen. In dieser Studie zeigen wir am Beispiel von Rohrenwurmer, Vestimentifera (Siboglinidae, Polychaeta), die in einer obligaten endosymbiontischen Beziehung mit thiotrophen Bakterien leben, dass die gleichzeitige Fluoreszenz in situ Hybridisierung von eukaryotischen und bakteriellen Symbiontenzellen moglich ist. Dies ermoglicht die Identifizierung von Arten. Fur diese Studie wurden die bisher veroffentlichten Wirtspezifischen Sonden fur Riftia pachyptila, Tevnia jerichonana, eine Symbionten-spezifische Sonde, sowie eine neu entwickelte 18S rRNA-Sonde fur Oasisia alvinae angewendet. Eine Reihe von Standard-Fixierungen und Hybridisierungsprotokolle wurden getestet und fur die bestmogliche Signalintensitat und zellulare Auflosung optimiert. Ethanol konservierte Proben, die in LR White Harz eingebettet wurden, lieferten die besten Ergebnisse. Wir zeigten, dass lange Lagerzeiten von Exemplaren keinen Einfluss auf die Qualitat der Signale hatten und nutzten unseren Protokoll an unbekannte proben zu identifizieren.

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What this paper is about

Die Identifizierung von Wirbellosen wird in der Regel durch die Ermittlung morphologischer Merkmale unter einem Mikroskop durchgefuhrt. Dies ist jedoch nicht immer moglich da fruhe Lebensformen wie Embryonen, Larven oder Jungtiere entweder morphologisch ident sind oder ein hohes Mas an Konservierung zwischen nahe verwandten Arten im fruhen Entwicklungsstadium aufweisen. In dieser Studie zeigen wir am Beispiel von Rohrenwurmer, Vestimentifera (Siboglinidae, Polychaeta), die in einer obligaten endosymbiontischen Beziehung mit thiotrophen Bakterien leben, dass die gleichzeitige Fluoreszenz in situ Hybridisierung von eukaryotischen und bakteriellen Symbiontenzellen moglich ist. Dies ermoglicht die Identifizierung von Arten. Fur diese Studie wurden die bisher veroffentlichten Wirtspezifischen Sonden fur Riftia pachyptila, Tevnia jerichonana, eine Symbionten-spezifische Sonde, sowie eine neu entwickelte 18S rRNA-Sonde fur Oasisia alvinae angewendet. Eine Reihe von Standard-Fixierungen und Hybridisierungsprotokolle wurden getestet und fur die bestmogliche Signalintensitat und zellulare Auflosung optimiert. Ethanol konservierte Proben, die in LR White Harz eingebettet wurden, lieferten die besten Ergebnisse. Wir zeigten, dass lange Lagerzeiten von Exemplaren keinen Einfluss auf die Qualitat der Signale hatten und nutzten unseren Protokoll an unbekannte proben zu identifizieren.

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Key contribution

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Method / approach

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Main findings

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Limitations

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Applications

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Die Identifizierung von Wirbellosen wird in der Regel durch die Ermittlung morphologischer Merkmale unter einem Mikroskop durchgefuhrt. Dies ist jedoch nicht immer moglich da fruhe Lebensformen wie Embryonen, Larven oder Jungtiere entweder morphologisch ident sind oder ein hohes Mas an Konservierung zwischen nahe verwandten Arten im fruhen Entwicklungsstadium aufweisen. In dieser Studie zeigen wir am Beispiel von Rohrenwurmer, Vestimentifera (Siboglinidae, Polychaeta), die in einer obligaten endosymbiontischen Beziehung mit thiotrophen Bakterien leben, dass die gleichzeitige Fluoreszenz in situ Hybridisierung von eukaryotischen und bakteriellen Symbiontenzellen moglich ist. Dies ermoglicht die Identifizierung von Arten. Fur diese Studie wurden die bisher veroffentlichten Wirtspezifischen Sonden fur Riftia pachyptila, Tevnia jerichonana, eine Symbionten-spezifische Sonde, sowie eine neu entwickelte 18S rRNA-Sonde fur Oasisia alvinae angewendet. Eine Reihe von Standard-Fixierungen und Hybridisierungsprotokolle wurden getestet und fur die bestmogliche Signalintensitat und zellulare Auflosung optimiert. Ethanol konservierte Proben, die in LR White Harz eingebettet wurden, lieferten die besten Ergebnisse. Wir zeigten, dass lange Lagerzeiten von Exemplaren keinen Einfluss auf die Qualitat der Signale hatten und nutzten unseren Protokoll an unbekannte proben zu identifizieren.

Key concepts: Molecular biology, Biology, 16S ribosomal RNA, Genetics, Gene

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